При ампутации верхушки корня, попавшего в кистозную полость, долотом и молотком может произойти травма зуба и его потеря. Во время интенсивного кюретажа ложкой околоверхушечного пространства здоровых зубов, находящихся по соседству с кистой, сосуды, идущие к пульпе зуба, могут быть повреждены, в результате пульпа может погибнуть. В случае кист средних и больших размеров при грубом удалении кистозного зуба ослабленный альвеолярный отросток может отломаться на большом участке. Это осложнение неблагоприятно с точки зрения протезирования.
После операции по Парч II, произведенной при помощи горизонтального разреза со стороны преддверия полости рта, в результате перфорации слизистой оболочки основания носа или гайморовой полости может образоваться свищ между носовой полостью и преддверием, а также между гайморовой полостью и преддверием полости рта.

Применение долота и молотка при операциях больших кист нижней челюсти может привести к перелому челюсти. В результате повреждения альвеолярного нерва нижней челюсти может наступить кратковременная или длительная парестезия, гипестезия, анестезия. После операции кисты часто наблюдается образование кровоподтеков на губе, щеке, в подъязычной и рет- ромолярной областях. В результате нагноения гематомы в упомянутых областях образуется абсцесс.