Трудности выведения номенклатуры инфекционных болезней из видовой специфики возбудителя определяются, помимо сказанного выше, сложностью применения биологической концепции вида к микроорганизмам. Биологиче­ский вид — это группа фенотипически сходных организмов с присущим им всем определенным основным качеством, которым в современной концепции биологического вида считается репродуктивная изоляция. Вид — это генетиче­ская единица, включающая большой взаимосвязанный генофонд. У микроор­ганизмов фенотипическое сходство выявляется не у отдельных особей, а у клональных совокупностей. Виды микроорганизмов в основном полити- пичны. Они состоят из мелких соподчиненных таксономических единиц (под­виды, разновидности, варианты, типы, штаммы, формы). Такая внутривидо­вая политипичность вносит субъективизм в решение вопроса, какая степень внутреннего фенотипического разнообразия необходима и достаточна при вы­делении биологического вида.
Репродуктивная и генетическая изоляция, составляющая основной видо­вой признак, у возбудителей инфекционных болезней определяется в конечном счете их экологией, имеющей своим выражением эпидемиологию (эпизоото­логию) болезни. К сожалению, это обстоятельство еще не нашло отражения в систематике микроорганизмов. С этой точки зрения имеющие фенотипиче­ское сходство вирусы гриппа А человека и животных, золотистый стафило­кокк человека и золотистый стафилококк животных и некоторые другие ми­кроорганизмы правомерно рассматривать как виды-двойники.