В разных публикациях авторы указывают на неоднозначность и противоречивость результатов исследований и методом ПЦР, и методом ИФА, отмечая наличие ложноположительных и ложноотрицательных результатов, неправильную трактовку результатов. Тактика врачей в выявлении ВУИ зачастую отличается односторонним подходом и нередко базируется на обследовании методом ПЦР или на определении только специфических антител классов IgM и IgG, что нередко приводит к гипо - и гипердиагностике ВУИ.
Получаемые результаты исследований различными методами связаны:
- с чувствительностью и специфичностью метода;
- с наличием ограничений для каждого метода;
- возможностью перекрестных реакций;
- присутствием ингибиторов реакции;
- с особенностями микроорганизма (в том числе низкой иммуногенностью, иммунодепрессивными свойствами, антигенным дрейфом);
- локализацией возбудителя (вне- или внутриклеточно);
- наличием у пациента признаков ранее перенесенной или латентной инфекции, стадией инфекционного процесса;
- развитием синдрома иммуносупрессии, иммунологической толерантности, аутоиммунными процессами;
- локализацией возбудителя в органах и тканях, недоступных для взятия биоматериала;
- неправильным выбором материала для исследования;
- с нарушением правил забора, хранения, транспортировки биологического материала, контаминация проб при проведении исследований и др.