Острую стадию одонтогенного остеомиелита необходимо дифференцировать от следующих заболеваний:

• острого (или обострившегося хронического) периодонтита;
• острого гнойного периостита;
• воспалительного процесса мягких тканей лица (абсцесс, флегмона);
• нагноившихся кист челюстно-лицевой области (одонтогенные, дермоидные, эпидермоидные).

Острый гнойный периодонтит. Отсутствие признаков поражения надкостницы челюсти и прилежащих мягких тканей отличает острый гнойный периодонтит от остеомиелита. Очаг воспаления при периодонтите ограничен главным образом альвеолой одного зуба. Десна и слизистая оболочка переходной складки могут быть отечны и болезненны при пальпации. Перкуссия и давление на пораженный зуб вызывает боль; зуб становится подвижным. Тем не менее общее состояние больного существенно не ухудшается. При своевременном лечении наступает выздоровление; воспалительный процесс может принимать также хроническое течение.
Острый гнойный периостит сопровождается нарушением общего состояния больного, повышением температуры тела до субфебрильных значений, умеренными изменениями со стороны крови. Очаг воспаления при периостите локализован на поверхности альвеолярного отростка. В процесс вовлечены надкостница челюсти и мягкие ткани лица, что, как правило, приводит к их коллатеральному отеку и формированию поднадкостничного абсцесса. При своевременном оперативном вмешательстве (удаление зуба, вскрытие гнойника) и рациональной лекарственной и физической терапии воспалительный процесс купируется в течение 3—5 дней.
У больных острым одонтогенным остеомиелитом более отчетливо, чем при периостите, выражена общая реакция организма, включая и изменения со стороны крови, мочи. Челюсть утолщена, характерны подвижность нескольких зубов, неврологические расстройства и нарушение электровозбудимости зубов.
Абсцессы и флегмоны лица и шеи неодонтогенного происхождения, а также возникшие в результате нагноения регионарных лимфатических узлов, отличаются от остеофлегмоны характерным началом заболевания. Так, аденофлегмонам предшествует воспалительный процесс в лимфатических узлах. Неодонтогенные флегмоны развиваются при наличии инородных тел, нагноении гематомы, при осложнениях слюннокаменной болезни, злокачественном течении фурункулов и карбункулов. Для так называемых изолированных флегмон выраженная воспалительная реакция надкостницы нехарактерна.
Кисты челюстно-лицевой области сопровождаются деформацией мягких тканей и челюстей по мере своего роста. Нагноение с характерными признаками острого гнойного процесса возникает вторично.