Тела парасимпатических нейронов лежат в сакральном отделе спинного мозга и в стволе мозга (церебральная часть).
Церебральная часть включает среднемозговой отдел, который лежит в ядрах глазодвигательного нерва (III пара), расположен на дне водопровода на уровне верхних холмиков крыши среднего мозга (зрачковый центр) и через глазодвигательный нерв обеспечивает сужение зрачка и аккомодацию глаза. К церебральной части также относится ромбовидный отдел,
расположенный в продолговатом мозге. Основная масса вегетативных волокон ромбовидного отдела входит в состав важного нервного ствола, называемого блуждающим нервом (X пара). Его многочисленные ветви осуществляют всю парасимпатическую иннервацию сердца, легких и кишечного тракта- замедляют ритм сердечных сокращений, способствуют перевариванию и всасыванию пищи. Поэтому парасимпатическая система по своей основной функции — анаболическая (запасающая энергию).
Сакральная часть расположена в боковых рогах S2—S4 крестцовых сегментов спинного мозга. Осуществляет контроль за функциями тазовых органов (мочевой пузырь, прямая кишка).