Осложнениями во время второго этапа операции могут быть:

1. — выкручивание внутрикостного элемента вместе с заглушкой;
2. — проталкивание имплантата в верхнечелюстную пазуху;
3. — поиск эндоссальной части имплантата из-за частичного его перекрытия новообразованной костной тканью.

Выкручивание с заглушкой самого имплантата может происходить в случае:

• отсутствия интеграции имплантата в связи с нарушением репаративной регенеращш кости (при замедленной регенерации);
• «не срабатывает» антиротационная защита внутрикостного элемента, т.е в углубление или отверстие внутрикостного элемента не проросли структурные элементы кости;
• не правильно учтен тип архитектоники кости. Например, при IY типе был установлен цилиндрический или винтовой имплантат с гладкой поверхностью и расположенный на уровне губчатого слоя, т.е. не была проведена меж- или бикортикальная имплантация.

В первых двух случаях нужно установить выкручивающийся внутрикостный элемент на место, назначить препараты кальция и др., оптимизирующие минерализацию. Второй этап операции провести через 1-1,5 мес.
В третьем случае проводят рсимплантацию с учётом архитектоники кости.
Образование костной ткани над внутрикостным элементом не является осложнением, но приводит к проблемам, которые затрудняют выполнение второго этапа операции. При этом, после обнажения места расположения имплантата нужно спилить костный «козырек», перекрывающий имплантат, с соблюдением правил атравматического препарирования кости. При установке гингивоформера или головки имплантата необходимо убедиться в их точном расположении, т.к. костные «козырьки и наросты» могут мешать правильному вкручиванию компонентов имплантата. Это может приводить к осложнениями во время или после протезирования.