Познание проблем эволюции иммунитета невозможно без сравнительного изучения явлений, объединеных общим понятием — трансплантационный иммунитет. Констатация факта реакции на трансплантационные антигены и создания памяти от первичного контакта с чужеродным фактором у представителей того или иного таксона позволяет говорть о наличии у них специфической иммунной формы защиты.
В рамках проблемы эволюции трансплантационного иммунитета решаются следующие вопросы.

1. С какого филогенетического уровня возникла способность к специфическому, истинно иммунному распознаванию чужерод- ности антигенного материала?
2. Каковы конкретные клеточные механизмы, действующие в реакции отторжения чужеродного материала?
3. Являются ли клетки, участвующие в отторжении трансплантата у разных филогенетических групп (имеются в виду в первую очередь беспозвоночные и позвоночные животные), гомологами или аналогами по отношению друг к другу?
4. Каковы причины возникновения и эволюционного развития специфических реакций отторжения?