В формирование разнообразия антигенраспознающей способности иммунорецепторов вносит вклад еще один процесс, реализуемый на генетическом уровне — усиленный соматический мутагенез. Он происходит в популяции В-лимфоцитов при иммунном ответе, а не при дифферен- цировке В-клеток и имеет отношение не только к специфичности, но и к аффинности антител, секретируемых потомками В-лимфоцитов — плазматическими клетками.
Гипермутагенез наблюдают только в активированных и пролиферирующих В-клетках в зародышевых центрах (В-центробласты) после переключения изотипов с IgM на последующие классы. Он происходит на пике Т-зависимого иммунного ответа: гипермутагенез регистрируют с 8-х суток после иммунизации и достигает максимума на 12-е сутки. В плазматических клетках гипермутагенез не выявляется.
Усиление мутагенеза затрагивает только V-домен , а в нем — преимущественно регион CDR3. Частота мутаций при гипермутагенезе возрастает на 3—4 порядка (с 10-6—10-7 до 10-2—10-3), достигая в регионе CDR3 2,5—3% (т.е. при каждом делении клетки происходит изменение 3 из 100 оснований).
Развитие гипермутационного процесса связывают с проявлением активности фермента — индуцируемой активацией дезаминазы цитидина, кодируемой геном AID (Activation-induced cytidine deaminase). Этот ген экспрессируется в делящихся В-лимфоцитах зародышевого центра. Названный фермент дезаминирует остатки цитидина в одноцепочечной ДНК до дезоксиуридина, что первоначально приводит к формированию мутации С^Т (замена цитозина на тимин), а на последующих фазах процесса — большого количества точечных соматических мутаций типа трансцизий (превращаений внутри одного класса нуклеотидов).
Большинство мутаций нарушают способность антител связываться с антигеном. Однако при таком высоком темпе мутаций неизбежно возникают изменения структуры активного центра антител, повышающие его сродство к антигенному эпитопу. Такие варианты отбираются и служат основой феномена созревания аффинитета (см. раздел 3.6.2.2).