Классификация вирусов основана на свойствах вирионов, из которых ведущими являются признаки, характеризующие нуклеиновую кислоту, способ репродукции, антигенные свойства. В целях классификации используются следующие характеристики: 1) тип нуклеиновой кислоты, ее молекулярная масса, число нитей в ней; 2) способ репродукции, или стратегия вирусного генома; 3) особенности структурной организации генома - наличие внешней оболочки, симметрия капсида, размер капсида, и число капсомеров в нем; 4) крут восприимчивых хозяев; 5) патогенность и образование внутриклеточных включений; 6) антигенные свойства. На основании перечисленных признаков вирусы делятся на семейства, подсемейства, роды и типы.
Согласно существующей классификации вирусы объединены в самостоятельное царство Vira. По типу нуклеиновой кислоты, содержащейся в вирионе, вирусы подразделяют на ДНК- и РНК- содержащие. Дальнейшая классификация на семейства и роды исходит из совокупности перечисленных выше свойств вириона. Например, вирусы человека и животных по указанным критериям распределены в 19 семейств, включающих 43 рода. В соответствии с кругом хозяев различают вирусы животных и человека, вирусы растений и вирусы бактерий.