Возбудителями одонтогенного верхнечелюстного синусита могут выступать различные микроорганизмы, обитающие в одонтогенных и стоматогенных очагах.
С целью изучения микрофлоры при хроническом синусите Р. Каппа и соавт. (1979) проводили наблюдения за 40 больными. Из слизистой оболочки, удаленной из верхнечелюстной пазухи во время операции, выделили 131 штамм бактерий, из содержимого самой пазухи — 62, из носового секрета — 106. Выделенная из слизистой оболочки пазухи в 11 случаях Н. influenzae дала обильный рост.
Согласно последним данным отечественной и зарубежной литературы, в 50% случаев острый одонтогенный синусит вызывают гемофильная палочка и пневмококк, реже— пиогенный стрептококк, золотистый стафилококк, споронеобразующие анаэробы. В настоящее время благодаря современным микробиологическим методам диагностики из воспалительного экссудата высевают различные ассоциации микроорганизмов (анаэробные, аэробные).