Ярким примером регуляции активности генов, ключевым звеном которой является нетранслируемый транскрипт, является инактивация Х-хромосомы в соматических клетках самок млекопитающих.
Процесс инактивации начинается на определенном участке, так называемом «центре инактивации Х-хромосомы», в котором картирован ген Xist (Х-инактивирующий специфический транскрипт). Ген Xist имеет три промотора — Р0, Р1 и Р2. Если транскрипция осуществляется с промоторов Р1 и Р2, то образуется стабильный транскрипт размером 15 000 п. о., если с промотора Р0 — возникает нестабильный продукт.
Переключение транскрипции с промотора Р0 на Р1\Р2 коррелирует с началом процесса инактивации Х-хромосомы [755]. Накопление специфических стабильных РНК-транскриптов по длине Х-хромосомы ведет к образованию так называемой «РНКовой шубы», которая постепенно покрывает всю Х-хромосому и детерминирует ее инактивацию. В функционально активной Х-хромосоме ген Xist инактивирован. Супрессия гена Xist определяется метилированием CpG-динуклеотидов в последовательности 5’-GCGCCGCGG-3’ (от - 44 до - 36), расположенной в промоторной области гена Xist [447]. Наличие или отсутствие метилирования этого участка определяет активность гена Xist на доимплантационной стадии развития. Показано, что после обработки культивируемых клеток 5-азацитидином происходит частичная реактивация генов Х-хромосомы, что свидетельствует о значимой роли метилирования в создании и поддержании инактивированного состояния Х-хромосомы [645, 778]. У эмбрионов мыши в доимплантационный период (3,5-4-й день развития) в трофэктодерме и в первичной эндодерме наблюдается импринтированная экспрессия гена Xist, причем инактивируется преимущественно отцовская аллель. Для тканей самого зародыша характерна случайная инактивация Х-хромосомы [418].