Как известно, одной из важнейших проблем трансплантации является проблема иммунологической совместимости тканей трансплантата и реципиента. Чтобы добиться ее, используют 2 основных способа. Можно на этапе выращивания органа внедрять гены будущего реципиента в культуру эмбриональных клеток. Однако данная методика пока находится в стадии теоретической разработки и не осуществляется на практике. Можно также угнетать иммунную систему реципиента с помощью иммуносупрессов, но тогда появляется риск развития инфекционных осложнений и опухолеобразования. Возможна еще пересадка трансплантата, который заведомо не столкнется с иммунной системой реципиента. Эти вопросы приобретают тем более важное значение, когда выясняется, что у ЭСК существует одно негативное свойство – провоцировать опухолевый рост при подсадке реципиентам с дефектной иммунной системой. Поэтому введение ЭСК становится возможным только после их дифференцировки в специализированные ткани.

К сожалению, ЭСК как носители чужеродной генетической информации (чужеродная ДНК) могут оказывать на клетки организма мутагенный эффект. Примерно 15% генетического материала клеток имеет вирусную природу. В связи с этим имеется прямая опасность переноса различных вирусов введенными СК. У человечества уже есть печальный пример неосторожного использования трансплантации клеток. В начале 50-х гг. прошлого века вспыхнула эпидемия полиомиелита. Тогда для получения живой вакцины были использованы в качестве культуральной среды клетки почек зеленых макак. Этой вакциной иммунизированы сотни тысяч детей, В 1963 же году обнаружилось, что эти клетки несут в своем геноме онкогенный вирус SV-40. В результате ряд людей, в детстве привитых печально известной вакциной от полиомиелита, страдает опухолями, спровоцированными тем самым вирусом.

Существует много неясностей и с появлением вируса иммунодефицита человека. Считается, что его переносчиком являются шимпанзе. Но как он попал к человеку, совершенно непонятно. Найти ответы на эти вопросы представляется весьма важным, т.к. в генной инженерии нередко используются для пересадки клетки животных. В тканях свиньи, например, имеется, по крайней мере, 6 ретровирусов, которые способны размножаться в тканях человека. Нельзя забывать о реальной опасности возникновения эпидемического очага новой инфекции, поскольку при пересадке клеток животных больным людям с ослабленной иммунной системой эти ретровирусы могут им передаваться.

Поэтому внедрение новых методов лечения с помощью ЭСК требует чрезвычайной осторожности и многоуровневого контроля.

Наибольшее применение нашла трансплантация гемопоэтических СК, получаемых из костного мозга, пуповинной крови и «стимулированной» периферической крови. Первая трансплантация с использованием пуповинной крови была выполнена в Париже в 1988 г. На настоящий момент в мире уже проведено около тысячи пересадок гемопоэтичесютх СК. Основная масса трансплантаций была выполнена в ходе лечения острых и хронических лейкозов у детей и взрослых, а также для лечения злокачественных заболеваний. Но в последние годы появляется все больше сообщений об успешном применении трансплантации СК (в том числе аутологичных) не только при злокачественных болезнях крови, но и при аутоиммунных и нейродегенеративных заболеваниях.